Fork Team - Analiza Danych


mgr Konrad J. Dębski

Biolog z pasji zajmujący się analityką danych, bioinformatyką i programowaniem, głównie w środowisku R, ale nie pogradzi innymi językami. Obecnie uczestnik studiów doktoranckich w Katedrze Doświadczalnictwa i Bioinformatyki (SGGW). Poszukuje cech charakterystycznych genów docelowych dla leków w danych mikromacierzowych. Pracownik Zakładu Neurobiologii Molekularnej i Komórkowej w Instytucie Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN. Obeznany w mokrym laboratorium... Fuzjonował protoplasty ziemniaków... Ciągle poszerza swoje zainteresowania... i analizuje dane...

ZAKRES DZIAŁALNOŚCI NAUKOWEJ
  • Analiza danych mikromacierzowych i NGS
  • Poszukiwanie cech charakterystycznych genów docelowych dla leków w eksperymentach mikromacierzowych typu atlas tkanek.
  • Poszukiwanie biomarkerów - miRNA

    WSPÓŁPRACA Z INNYMI INSTYTUCJAMI
  • Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego >>
  • Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin oddział w Młochowie >>
  • Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie >>

    CZŁONKOWSTWO W TOWARZYSTWACH NAUKOWYCH
  • Polskie Towarzystwo Bioinformatyczne >>

    PUBLIKACJE
  • Noora Puhakka, Anna Maria Bot, Niina Vuokila, Konrad Jozef Debski, Katarzyna Lukasiuk, Asla Pitkänen 2017, Chronically dysregulated NOTCH1 interactome in the dentate gyrus after traumatic brain injury. PLoS ONE >>
  • Siranjeevi Nagaraj, Katarzyna Laskowska-Kaszub, Konrad J. Dębski, Joanna Wojsiat, Michał Dąbrowski, Tomasz Gabryelewicz, Jacek Kuźnicki and Urszula Wojda 2017, Profile of 6 microRNA in blood plasma distinguish early stage Alzheimer’s disease patients from non-demented subjects. Oncotarget >>
  • Joanna Bednarczyk, Konrad J. Dębski, Anna M. Bot & Katarzyna Lukasiuk 2016, MBD3 expression and DNA binding patterns are altered in a rat model of temporal lobe epilepsy. Scientific Reports >>
  • Mohammed Imran Khan MSc., Konrad J. Dębski, Michał Dabrowski, Anna M. Czarnecka, Cezary Szczylik 2016, Gene Set Enrichment Analysis and Ingenuity Pathway Analysis of Metastatic Clear Cell Renal Cell Carcinoma Cell Line. American Journal of Physiology - Renal Physiology >>
  • Wnuk A., Dębski K.J. 2016, Should we trust graphs' default settings in the R packages? Communications in Biometry and Crop Science 11, 114–126.>>
  • Konrad J. Dębski, Asla Pitkanen, Noora Puhakka, Anna M. Bot, Ishant Khurana, KN Harikrishnan, Mark Ziemann, Antony Kaspi, Assam El-Osta, Katarzyna Lukasiuk, Katja Kobow. 2016, Etiology matters – Genomic DNA Methylation Patterns in Three Rat Models of Acquired Epilepsy. Scientific Reports >>
  • Diana Miszczuk, Konrad J. Dębski, Heikki Tanila, Katarzyna Lukasiuk, Asla Pitkänen. 2015, Traumatic Brain Injury Increases the Expression of Nos1, Aβ Clearance, and Epileptogenesis in APP/PS1 Mouse Model of Alzheimer’s Disease. Molecular Neurobiology >>
  • Anna Maria Bot, Konrad Józef Dębski, Katarzyna Lukasiuk. 2013, Alterations in miRNA Levels in the Dentate Gyrus in Epileptic Rats. PLoS ONE >>
  • Krystkowiak I., Lenart J., Debski K., Kuterba P., Petas M., Kaminska B., Dabrowski M. 2013, Nencki Genomics Database - Ensembl funcgen enhanced with intersections, user data, and genome-wide TFBS motifs. Database >>
  • M. Chmielarz, S. Sobkowiak, K. Dębski, D. E. L. Cooke, M. B. Brurberg, J. Śliwka 2013, Diversity of Phytophthora infestans from Poland. Plant Pathology >>
  • P. Smyda, H. Jakuczun, K. Dębski, J. Śliwka, R. Thieme, M. Nachtigall, I. Wasilewicz-Flis, E. Zimnoch-Guzowska 2013, Development of somatic hybrids Solanum × michoacanum Bitter. (Rydb.) (+) S. tuberosum L. and autofused 4x S. × michoacanum plants as potential sources of late blight resistance for potato breeding. Plant Cell Reports >>
  • Wasilewicz-Flis I., Strzelczyk-Żyta D., Dębski K., Hara A., Jakuczun H. Diploidalne klony z kolekcji źródłem odporności na wirusy ziemniaka. Zeszyty Problemowe Postępów Nauk Rolniczych (2010 z. 555: 657-666)>>

    DYDAKTYKA
  • Środowisko R od podstaw: analiza i wizualizacja danych biologicznych link
  • Kurs R'a dla pracowników Katedry Doświadczalnictwa i Bioinformatyki SGGW
  • Podstawowe zastosowania komputerów
  • Informatyka
  • Technologia informacyjna


  • DOŚWIADCZENIE ZAWODOWE
  • Od 2016
    Właściciel FORK SYSTEMS - firmy zajmującej się analizą danych i rozwojem oprogramowania bioinformatycznego.
  • 2014 - 2016
    Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, Pracownia Bioinformatyki (zakres obowiązków: Analiza danych mikromacierzowych i danych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji, rozwój narzędzi bioinformatycznych)>>
  • 2012 - 2014
    Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego, Zakład Neurobiologii Molekularnej i Komórkowej, Pracownia Epileptogenezy (zakres obowiązków: Analiza danych mikromacierzowych i danych pochodzących z sekwencjonowania nowej generacji, rozwój narzędzi bioinformatycznych)>>
  • 5.09.2008 – 14.09.2009
    Staż w Instytucie Hodowli i Aklimatyzacji Roślin Radzików Oddział w Młochowie (zakres obowiązków: kriokonserwacja merystemów i pyłku, odwirusowywanie roślin in vitro ziemniaka, prowadzenie prac biotechnologicznych zmierzających do otrzymania mieszańców somatycznych ziemniaka). >>
  • 16.03-10.04.2009
    Szkolenie i praktyka z zakresu elektrofuzji protoplastów ziemniaka, pod kierunkiem Dr Ramony Thieme w Julius Kuhn Institute w Gross Lusewitz w Niemczech. >>
  • 13.10.2006-15.01.2007
    Praktyka w firmie Versita sp. z o.o. (praca badawcza w środowisku internetowym, budowanie naukowych, elektronicznych baz danych, pozyskiwanie zasobów z sieci internet). >>
  • 5.07-29.07.2005
    Praktyka studencka w BIOTON S.A. (Laboratorium Mikrobiologiczne Kontroli Jakości w Zakładzie Produkcyjnym w Duchnicach). >>


  • GRANTY - kierownik
  • PRELUDIUM 7 [2014/13/N/NZ2/00587] - Poszukiwanie wspólnych cech metylacji DNA i ich wpływu na poziom ekspresji genów w trzech różnych modelach padaczki skroniowej.
    [zakończony]

    GRANTY - uczestnictwo i współwykonastwo
  • PRELUDIUM 5 - Poszukiwanie promotorów, do których wiąże się białko MBD3 w mózgu kontrolnym i w szczurzym modelu padaczki skroniowej. kierownik: mgr Joanna Bednarczyk
    [analiza danych Chip-Seq] [zakończony]
  • PBZ-MNiSW-2/3/2006/28 - Wprowadzenie genów odpornoci na Phytophthora infestans z Solanum michoacanum (Bitter.) Rydb. do ziemniaka uprawnego S.tuberosum L. i opracowanie dla nich markerów PCR do zastosowania w selekcji.
    [Elektrofuzja mieszańców somatycznych.] [zakończony]

    PROGRAMY - pakiety R GITHUB
  • ccChooser >>
  • Mfuzz.patch ver.0.0.2 >>


  • Mail: konraddebski@gmail.com
    CopyRight: ForkTeam & BadCompany 2011-2017